L’IRD Cameroun participe à un projet de recherche international sur le microbiome intestinal

Début février, une équipe de chercheurs de l’Institut de recherche et de développement (IRD) et du Massachusetts Institute of Technology (MIT), a effectué une mission dans le sud Cameroun pour collecter les microbiomes intestinaux et l’ADN de plusieurs individus des communautés Baka dans le cadre d’un programme international de recherche.

JPEG

Nos intestins abritent des milliards de bactéries (le microbiome intestinal) qui influencent fortement notre santé, favorisant notre digestion, aidant au bon développement de notre immunité, ou encore en nous protégeant contre certains pathogènes. Nous savons aujourd’hui que l’occidentalisation généralisée des modes de vie et des régimes alimentaires des populations humaines est associée à une forte diminution de la diversité bactérienne intestinale. Par ailleurs, des corrélations entre cet appauvrissement bactérien et l’apparition de nombreuses nouvelles maladies, notamment auto-immunes, ont déjà été mise en évidence.

Comme la mondialisation et l’industrialisation de nos modes de vie sont en expansion dans le monde, y compris au Cameroun, il y a un fort risque que les modes de vie et les régimes alimentaires traditionnels, et du coup la diversité microbienne qui leur est associée, disparaissent. Il est donc urgent d’échantillonner et de préserver cette vaste biodiversité microbienne indispensable a notre santé et qui a évolué avec l’espèce humaine depuis des millénaires.

JPEG

Du 29 janvier au 5 février 2018, une équipe internationale composée de chercheurs et techniciens de l’IRD (Pr. Alain Froment et Alain Fezeu), d’une cheffe enquêtrice alimentaire (Vanessa Juimo) et de chercheurs du Massachusetts Institute of Technology (MIT) aux États-Unis (Dr Mathilde Poyet et Dr. Mathieu Groussin) ont visité des communautés Baka rurales dans la région de Mintom dans le sud Cameroun pour collecter des échantillons de selles et de salive dans le but de collecter les microbiomes intestinaux et l’ADN de plusieurs individus.

Cette mission est réalisée dans le cadre d’un projet international à but non-lucratif mené par le MIT, le Global Microbiome Conservancy, qui a pour ambition de visiter des dizaines de groupes ethniques à travers plus de 40 pays dans le monde. Cette mission fait suite à une précédente campagne de recrutement qui a eu lieu en mai 2017 et qui a été codirigée par le Dr. Laure Ségurel du Musée de l’Homme à Paris en collaboration avec le Centre Pasteur de Yaoundé.

Lors de cette précédente mission, des communautés Béti des régions de Yaoundé (environnement urbain), Mbalmayo (semi-urbain) et Ngoantet (rural) avaient été visitées pour la collecte d’échantillons. En ciblant des populations urbanisées mais aussi des populations traditionnelles, souvent isolées et à l’écart de la l’industrialisation, ces échantillonnages vont offrir une résolution géographique et génétique permettant de mieux comprendre les facteurs influençant les compositions bactériennes intestinales.

JPEG

La biodiversité bactérienne intestinale sera caractérisée en séquençant l’ADN bactérien extrait des échantillons de selle à l’aide de technique de séquençage haut-débit. De plus, les échantillons de selles ont aussi été immédiatement congelés sur le terrain afin de les conserver sur le long terme et de maintenir les bactéries intestinales vivantes. Ces bactéries vont ensuite être réanimées en laboratoire pour les cultiver et les isoler en conditions anaérobies, afin de les étudier et de les conserver.

Les bactéries fécales seront ainsi stockées dans une bio-banque mondiale, ouverte à la communauté scientifique pour faire avancer la recherche fondamentale et médicale autour de problématiques de santé liées au microbiome intestinal. Avec ces projets à but non-lucratif, les participants Camerounais conservent la propriété de leurs échantillons et des bactéries présentes dans la bio-banque construite par le Global Microbiome Conservancy.

Le Global Microbiome Conservancy prévoit de collecter des échantillons en Tanzanie, au Rwanda, au Maroc et en Malaisie dans le courant du premier semestre 2018 et est très intéressé pour établir de nouvelles collaborations avec d’autres chercheurs internationaux.

Contact : Mathieu Groussin - mgroussi@mit.edu

Dernière modification : 29/03/2018

Haut de page